PrimeMate: Szybki i zoptymalizowany generator starterów dla Ensembl
PrimeMate to dodatek do przeglądarki Chrome opracowany przez PrimeMate, który służy jako generator starterów dla Ensembl. Umożliwia użytkownikom generowanie setek par starterów z parametrami dostosowywanymi do preferencji i sortowanie ich według preferencji.
Z PrimeMate użytkownicy mogą łatwo pracować z bazą danych genomu Ensembl, po prostu przechodząc do żądanej sekwencji i klikając "znajdź startery". Dodatek oferuje szereg opcji dostosowywania, takich jak optymalna długość produktu, temperatura topnienia, zawartość G/C oraz próg dimeryzacji/hairpin.
Jedną z najważniejszych cech PrimeMate jest możliwość wyświetlania szczegółowych informacji dla każdego produktu, w tym długość, temperaturę topnienia i lokalizację eksonu. Użytkownicy mogą również sortować wygenerowane wyniki według preferowanych kryteriów, dostosowując wagę sortowania dla każdej zmiennej.
PrimeMate idzie o krok dalej, automatycznie filtrowując niepożądane produkty, takie jak samodimerujące się startery lub te o suboptymalnej lokalizacji na sekwencji. Zapewnia również możliwość zapisywania wybranych przez użytkownika sekwencji w wierszu "Ulubione" dla łatwego dostępu oraz umożliwia bezproblemowe udostępnianie poprzez kopiowanie sekwencji do schowka.
Ogólnie rzecz biorąc, PrimeMate to potężne i wydajne narzędzie do generowania starterów w Ensembl, oferujące przyjazny interfejs użytkownika i szeroki zakres opcji dostosowywania.
